Уверенные, что опасность миновала, автоботы, тем не менее, оставляют на Земле небольшую группу защитников под руководством Оптимуса Прайма. Предосторожность оказывается не напрасной — три года спустя Мегатрон объявляется снова и приносит с собой...

После победы над десептиконами на Земле, команда автоботов возвращается на Кибертрон, для того, что бы восстановить его. Вслед за ними возвращается и Юникрон — древнее зло, что бы уничтожить Кибертрон, ядром которого является Праймус — его вечный...