Уверенные, что опасность миновала, автоботы, тем не менее, оставляют на Земле небольшую группу защитников под руководством Оптимуса Прайма. Предосторожность оказывается не напрасной — три года спустя Мегатрон объявляется снова и приносит с собой...

Во время битвы с Анимо герой Бен 10 не послушал Макса и Гвен и был поглощен таинственной световой энергией. Бен не догадывался, что саморазрушительная функция часов Омнитрикс была уже включена, посылая сигнал, который достиг Тетракса. Тетракс...

После победы над десептиконами на Земле, команда автоботов возвращается на Кибертрон, для того, что бы восстановить его. Вслед за ними возвращается и Юникрон — древнее зло, что бы уничтожить Кибертрон, ядром которого является Праймус — его вечный...